鱼虾是变温动物，体温随水温变化，水温直接决定其新陈代谢速率、摄食量、生长速度和存活率。不同品种对水温要求差异很大，但核心原则是：找到该品种的“最适生长温度范围”，并保持稳定。
对于常见淡水养殖鱼类，草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲤鱼、鲫鱼的最适生长水温在22℃-28℃之间。水温低于15℃时，这些鱼摄食明显减少，生长停滞；低于10℃基本停止摄食；高于30℃时，代谢过快，耗氧量激增，容易缺氧浮头，且饲料转化率下降。罗非鱼是热带鱼，最适生长水温为28℃-32℃，低于15℃会冻伤死亡。虹鳟鱼是冷水鱼，最适生长水温为12℃-18℃，超过22℃就会热应激死亡。
虾类对水温更敏感。南美白对虾是目前养殖最广的品种，其最适生长水温为28℃-32℃。水温低于18℃时，南美白对虾摄食量下降，生长缓慢；低于15℃会出现大量死亡；高于35℃时，虾体应激反应强烈，易爆发疾病。日本对虾（车虾）最适水温为25℃-30℃。罗氏沼虾为25℃-30℃。小龙虾（克氏原螯虾）适应性较广，最适生长水温为20℃-30℃，但水温超过35℃会钻洞避暑，低于5℃则进入休眠。
温差是鱼虾养殖的隐形杀手。一天内水温变化超过3℃-5℃，鱼虾就会产生强烈应激反应，表现为摄食停止、免疫力下降、容易感染水霉病或细菌病。换水时，新水与池水温差不能超过2℃。暴雨天气大量雨水入池，会使表层水温骤降，导致上下水层对流，底层缺氧，鱼虾大面积死亡。因此，必须配备水温监测设备，每天早晚测量并记录。
不同生长阶段对水温要求也不同。鱼虾苗种阶段，水温需要比成体高出2℃-3℃，以促进新陈代谢和摄食。例如，草鱼苗培育时水温最好保持在24℃-28℃；南美白对虾淡化标粗阶段，水温需控制在30℃左右。产卵繁殖阶段，水温是触发产卵的关键信号。四大家鱼产卵需要水温稳定在18℃以上，最好22℃-26℃；罗非鱼在28℃-30℃时产卵最集中。
水温与溶氧量成反比。水温越高，水中溶氧越低。水温0℃时，饱和溶氧约14.6mg/L；20℃时约9.1mg/L；30℃时约7.6mg/L。高温季节，鱼虾代谢耗氧增加，而水体溶氧却下降，极易缺氧。因此，夏季高温期必须增加增氧机开机时间，中午和凌晨都要开机，必要时使用化学增氧剂。冬季低温期，虽然溶氧量高，但鱼虾代谢低，可减少投喂，但仍需防止冰下缺氧。
实际生产中，调节水温的方法包括：搭设遮阳网或保温棚，夏季遮阳可降低水温2℃-4℃，冬季保温可提升水温3℃-5℃；使用地下水或深井水，地下水常年恒温（约15℃-20℃），可用于夏季降温或冬季升温；锅炉或地热加温，适合高密度养殖或反季节育苗；换水调节，但必须控制温差和换水量，每次换水不超过池水的1/3。
判断水温是否合适，最直接的方法是观察鱼虾行为。鱼虾在适温范围内摄食活跃、游动正常、粪便成型。如果鱼虾聚集在水面、游动无力、摄食量突然下降，或者虾类出现弹跳、红体、白斑等症状，首先检查水温是否超出范围，并立即采取降温或升温措施。
最后强调一个容易被忽视的点：水温计要定期校准。使用水银温度计或电子温度计，每月用标准温度计校正一次。探头放在水下30-50厘米处测量，避免测量表层水。不同水层水温不同，要测量中层和底层水温，确保整个水体温度均匀。